portfolio/cellule/rapport/include/partie2.tex

\section{Analyse des Résultats} % Pas de numérotation
%\addcontentsline{toc}{section}{Introduction} % Ajout dans la table des matières
%\addcontentsline{toc}{subsection}{Le contexte}
%
\paragraph*{Résultats de la segmentation}


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\begin{figure}[htbp]
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
    \includegraphics[width=1.\textwidth, height=1.\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_01.eps}
  \caption{Image: Source.}
  \label{fig:im1}
\end{center}
\end{minipage}
\hfill
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
    \includegraphics[width=1.\textwidth, height=1.\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_02.eps}
  \caption{Image: Réduction du bruit.}
  \label{fig:im2}
  %Morpho math -> debruitage par moyen local
\end{center}
\end{minipage}
\end{figure}

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L'image filmée sous microscopie (Figure ~\ref{fig:im1}) présente un bruit de fond ce qui complique l'extraction des ROI, Pour mieux mettre en évidence ces ROI et réduire le bruit nous avons effectué un filtrage morphologique (Figure ~\ref{fig:im2}) tout en conservant les contours réels des cellules dans le filament, l'extraction de ces contours s'effectuera par la suite en calculant la norme du gradient (Figure 11).\\
Une difficulté qui se pose dans le passage de l'image de la norme du gradient a l'image binaire (Figure ~\ref{fig:im3}) au premier lieu dans l'opération de seuillage et le choix du seuil et en second lieux dans le paramétrage des éléments structurants afin de fermer correctement les contours de chaque cellule.\\
Nous observons au niveau du filament certaine cellules en étape de division et la décision de considérer si ces cellules seront étiquetés en une ou deux étiquettes dépendra de la taille de l'élément structurant.\\

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\begin{figure}[htbp]
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
    \includegraphics[width=1.\textwidth, height=1.\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_04.eps}
  \caption{Image: Contours extrait par gradient.}
  \label{fig:im4}
\end{center}
\end{minipage}
\hfill
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
    \includegraphics[width=1.\textwidth, height=1.\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_05.eps}
  \caption{Image: Contours binarisés.}
  \label{fig:im5}
\end{center}
\end{minipage}
\end{figure}
%--------------------------------a
\newpage
\paragraph*{}
À partir de l'image étiqueté (Figure ~\ref{fig:im4}) nous obtiendrons une image en espace RGB (Figure ~\ref{fig:im5}) et une couleur différente sera affectée à chaque étiquette.\\
Comme nous avons expliqué au chapitre ~\ref{sec:skelton}, dans un premier temps nous avons essayé de calculer le squelette à partir de l'image source mais même avec un filtrage morphologique (ouverture et fermeture sans reconstruction pour éliminer les contours dans le filament) nous n'avons pas obtenu de résultats satisfaisantes (squelettes incorrects ou discontinus).Comme remède à ces difficultés nous avons choisi de calculer le squelette à partir de l'image au canal associé au FRET après avoir constaté que ces images représentent tout le filament comme une seule composante connexe et les contours des cellules dans le filament lui-même sont négligeables. Avec ce canal nous avons obtenu un squelette correct (Figure ~\ref{fig:im6}).\\
La (figure ~\ref{fig:im7}) illustre les deux clics utilisateurs projetés sur le squelette (en bleu) et la section du squelette (en vert) le tout superposé sur les étiquettes des cellules dans le filament.\\
A partir de la section du squelette et la liste de toutes les étiquettes nous avons pu extraire que les étiquettes concernés (Figure ~\ref{fig:im8})  chaque étiquette extraite est coloré différemment et directement superposée sur la cellule concernée du filament dans l'image source (Figure ~\ref{fig:im9}).\\

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\begin{figure}[htbp]
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
   \includegraphics[width=1.2\textwidth, height=1.2\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_06.eps}
  \caption{Image: Étiquetage par Watershed.}
  \label{fig:im6}
\end{center}
\end{minipage}
\hfill
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
   \includegraphics[width=1.2\textwidth, height=1.2\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_07.eps}
  \caption{Image: Étiquetage en couleurs.}
  \label{fig:im7}
\end{center}
\end{minipage}
\end{figure}
%------------------------------------
\newpage
\paragraph*{Résultat d'extraction des données des cellules}
.
%---------------------------------
\begin{figure}[htbp]
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
  \includegraphics[width=1.\textwidth, height=1.\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_03.eps}
  \caption{Images: Squelette.}
  \label{fig:im3}
\end{center}
\end{minipage}
\hfill
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
   \includegraphics[width=1.\textwidth, height=1.\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_08.eps}
  \caption{Image: Section à extraire.}
  \label{fig:im8}
\end{center}
\end{minipage}
\end{figure}
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\begin{figure}[htbp]
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
    \includegraphics[width=.9\textwidth, height=.9\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_09.eps}
  \caption{Image: Étiquettes sélectionnées.}
  \label{fig:im9}
\end{center}
\end{minipage}
\hfill
\begin{minipage}[c]{.45\linewidth}
\begin{center}
   \includegraphics[width=.9\textwidth, height=.9\linewidth]{./images/segmentation/cell_label_10.eps}
  \caption{Image: Section à extraire superposé sur l'image source.}
  \label{fig:im10}
\end{center}
\end{minipage}
\end{figure}
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